Nach der Annexion Österreichs durch Deutschland im März 1938 reiste Premierminister Neville Chamberlain zweimal auf den Kontinent in der Hoffnung, Hitlers Angriffsabsichten zu beschwichtigen und einen weiteren zerstörerischen Krieg in Europa zu verhindern, doch er hatte keinen großen Erfolg.

Die Tschechoslowakei hatte 1926 Verträge mit Frankreich und 1935 mit der Sowjetunion unterzeichnet, um sich genau vor einer deutschen Aggression zu schützen – die Sowjetunion versprach ein Eingreifen, allerdings nur, wenn Frankreich zuerst handelte –, doch das Land blieb ungeschützt und verwundbar.

Gleichzeitige Vereinbarungen der Kleinen Entente aus der Tschechoslowakei, Rumänien und Jugoslawien zur Verteidigung gegen eine mögliche Aggression Ungarns waren wenig hilfreich.

Innerhalb der Tschechoslowakischen Republik leistete eine heftige deutschnationalistische Bewegung unter Führung Konrad Henleins und voller Unterstützung der Nationalsozialisten in Berlin Widerstand gegen die Herrschaft in Prag und forderte die Vereinigung des Sudetenlandes, in dem die meisten Tschechoslowakendeutschen lebten, mit dem Reich.

Als sich im Mai 1938 nur zwei Monate nach der Annexion Österreichs durch die Nazis die deutschen Truppen zum Einmarsch über die Grenze bereit machten, mobilisierten die Tschechoslowaken teilweise und die Lage wurde zunehmend bedrohlicher.

Die Botschafter Frankreichs und Großbritanniens übergaben Präsident Edvard Beneš am 19. September eine Note mit der Forderung, die Republik solle ihre Sudetengebiete an Deutschland übergeben und im Gegenzug die neuen Grenzen garantieren, um eine sofortige Besetzung durch die Wehrmacht zu verhindern. Damit waren die Tschechoslowakische Republik und ihre (wenigen) Freunde plötzlich isoliert.

Am 23. September mobilisierte die Tschechoslowakei in einer verzweifelten Geste erneut ihr Heer und ihre Luftwaffe. Hitlers Verbündeter Benito Mussolini schlug daraufhin ein Viermächtetreffen zur Lösung der tschechoslowakischen Krise vor.

Die berühmte Konferenz fand am 29. und 30. September 1938 in München statt. Vertreter aus Deutschland, Großbritannien, Frankreich und Italien nahmen daran teil; die Tschechoslowaken fehlten jedoch auffallend.

Chamberlain, der französische Premierminister Edouard Daladier, Hitler und Mussolini unterzeichneten ein Abkommen, das allen Forderungen Deutschlands gerecht wurde.

Das Sudetenland sollte zum 1. Oktober mit dem Reich vereinigt werden. Durch dieses und weitere Zugeständnisse verlor die Tschechoslowakische Republik einen Großteil ihres historischen Territoriums, ihre wichtigsten Befestigungen gegen Deutschland sowie einen Großteil ihrer Eisen-, Stahl- und Textilfabriken.

Darüber hinaus drohte mit dem Verlust des Sudetenlandes der Verlust weiterer Grenzgebiete im Osten, die Polen und Ungarn begehrten. Eine Woche nach der Mobilmachung kapitulierte die Tschechoslowakei am 30. September.

Die Eingliederung des Sudetenlandes in Deutschland, die am 1. Oktober 1938 begann, schwächte den Rest der Tschechoslowakei. Darüber hinaus wurde ein kleiner nordöstlicher Teil der Grenzregion, bekannt als Zaolzie, besetzt und an Polen angegliedert, angeblich um die lokale ethnische polnische Gemeinschaft zu „schützen“ und als Folge früherer Gebietsansprüche (tschechisch-polnische Konflikte in den Jahren 1918–20).

Darüber hinaus erhielt Ungarn durch den Ersten Wiener Schiedsspruch die südlichen Gebiete der Slowakei und der Karpatenruthenien, die größtenteils von Ungarn bewohnt waren.

Als am 14. März 1939 der slowakische Staat ausgerufen wurde, besetzte und annektierte Ungarn am nächsten Tag den Rest der Karpatenruthenien. Aus Angst vor einer ungarischen Invasion bat der tschechische Ministerpräsident die deutsche Wehrmacht, den Rest der tschechischen Gebiete zu schützen.

Am Morgen des 15. März marschierten deutsche Truppen in die verbleibenden tschechischen Teile der Tschechoslowakei (Rest-Tschechei auf Deutsch) ein und stießen dabei praktisch auf keinen Widerstand (der einzige Fall von organisiertem Widerstand fand in Místek statt, wo eine Infanteriekompanie unter dem Kommando von Karel Pavlík gegen einfallende deutsche Truppen kämpfte).

Die ungarische Invasion in der Karpato-Ukraine stieß auf Widerstand, wurde jedoch von der ungarischen Armee schnell niedergeschlagen. Am 16. März begab sich Hitler in tschechisches Gebiet und rief von der Prager Burg aus das deutsche Protektorat Böhmen und Mähren aus.

Abgesehen davon, dass er seine Versprechen in München gebrochen hatte, wurde die Annexion der restlichen Tschechoslowakei im Gegensatz zu Hitlers früheren Aktionen nicht in „Mein Kampf“ beschrieben.

Obwohl Deutschland wiederholt erklärt hatte, dass es ihm nur um Pangermanismus, die Vereinigung der ethnischen Deutschen zu einem Reich, ginge, hatte es inzwischen sieben Millionen Tschechen erobert. Hitlers Proklamation zur Schaffung des Protektorats besagte, dass „Böhmen und Mähren seit Jahrtausenden zum Lebensraum des deutschen Volkes gehörten“.

Die britische öffentliche Meinung änderte sich nach der Invasion drastisch. Chamberlain erkannte, dass das Münchner Abkommen für Hitler nichts bedeutet hatte. Chamberlain erklärte der britischen Öffentlichkeit am 17. März in einer Rede in Birmingham, dass Hitler versuche, „die Welt mit Gewalt zu beherrschen“.

Es gibt Quellen, die die günstigere Behandlung der Tschechen während der deutschen Besatzung im Vergleich zur Behandlung der Polen und Ukrainer hervorhoben.

Dies wird auf die Ansicht innerhalb der Nazi-Hierarchie zurückgeführt, dass ein großer Teil der Bevölkerung „zur Arisierung fähig“ sei. Die Tschechen waren daher nicht in gleichem Maße willkürlichen und organisierten Brutalitätsakten ausgesetzt wie ihre polnischen Gegenstücke.

Diese Möglichkeit der Arisierung wurde durch die Annahme gestützt, dass ein Teil der tschechischen Bevölkerung deutscher Abstammung sei.

Neben der Inkonsistenz der Feindseligkeit gegenüber den Slawen gibt es auch die Behauptung, dass die energische, aber zurückhaltende Politik in der Tschechoslowakei teilweise durch die Notwendigkeit getrieben war, die Bevölkerung gut zu ernähren und zufriedenzustellen, damit sie die lebenswichtige Arbeit der Waffenproduktion in den Fabriken verrichten konnte.

Bereits 1939 war das Land für Deutschland ein wichtiger Standort der Rüstungsproduktion und stellte Flugzeuge, Panzer, Artillerie und andere Waffen her.

Im März 1944 wurde Ungarn im Zuge der Operation Margarethe von Deutschland besetzt, und ab Ende August 1944 erlitt die Slowakei mit dem Slowakischen Nationalaufstand das gleiche Schicksal.

Die Besatzung endete mit der Kapitulation Deutschlands nach dem Zweiten Weltkrieg. Während der deutschen Besatzung wurden zwischen 294.000 und 320.000 Bürger (darunter Juden, die die meisten Opfer stellten) ermordet.